《企業(yè)所得稅核定征收辦法(試行)》(國稅發(fā)[2008]30號，以下簡稱國稅發(fā)[2008]30號)第三條規(guī)定，納稅人具有下列情形之一的，核定征收企業(yè)所得稅：(一)依照法律、行政法規(guī)的規(guī)定可以不設置賬簿的;(二)依照法律、行政法規(guī)的規(guī)定應當設置但未設置賬薄的;(三)擅自銷毀賬簿或者拒不提供納稅資料的;(四)雖設置賬簿，但賬目混亂或者成本資料、收入憑證、費用憑證殘缺不全，難以查賬的;(五)發(fā)生納稅義務，未按照規(guī)定的期限辦理納稅申報，經(jīng)稅務機關責令限期申報，逾期仍不申報的;(六)申報的計稅依據(jù)明顯偏低，又無正當理由的。

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國稅發(fā)[2008]30號第四條規(guī)定，稅務機關應根據(jù)納稅人具體情況，對核定征收企業(yè)所得稅的納稅人，核定應稅所得率或者核定應納所得稅額。具有下列情形之一的，核定其應稅所得率：(一)能正確核算(查實)收入總額，但不能正確核算(查實)成本費用總額的;(二)能正確核算(查實)成本費用總額，但不能正確核算(查實)收入總額的;(三)通過合理方法，能計算和推定納稅人收入總額或成本費用總額的。納稅人不屬于以上情形的，核定其應納所得稅額。

《企業(yè)所得稅法實施條例》第十條規(guī)定，《企業(yè)所得稅法》第五條所稱虧損，是指企業(yè)依照《企業(yè)所得稅法》和本條例的規(guī)定將每一納稅年度的收入總額減除不征稅收入、免稅收入和各項扣除后小于零的數(shù)額。

根據(jù)以上規(guī)定，無論采用核定應稅所得率方法，還是核定應納所得稅額方法，被核定企業(yè)核算的收入和成本費用數(shù)據(jù)，至少有一項是不真實的，只要有一項真實，其所形成的虧損乃至向以后年度結(jié)轉(zhuǎn)到的虧損額也不是真實的，不真實的虧損額不可以在以后年度的稅前利潤進行彌補。例如：《廣州市地方稅務局企業(yè)所得稅核定征收工作指引》(穗地稅發(fā)[2008]173號)第二十一條規(guī)定，由核定征收方式改為查賬征收方式的納稅人，其核定征收年度的虧損不得在查賬征收年度結(jié)轉(zhuǎn)彌補。

由此可見，企業(yè)所得稅征收方式從核定征收轉(zhuǎn)為查賬征收后，核定征收期間的成本、收入核算不真實所形成的虧損不可以在轉(zhuǎn)為查賬征收期間的稅前利潤進行彌補。

(一)核定征收年度發(fā)生的支出，在轉(zhuǎn)為查賬征收年度才收到發(fā)票的增值稅的處理：不可以抵扣增值稅進項稅額

《財政部、國家稅務總局關于全面推開營業(yè)稅改征增值稅試點的通知》(財稅[2016]36號，以下簡稱財稅[2016]36號)附件1：《營業(yè)稅改征增值稅試點實施辦法》(以下簡稱附件1)第三十三條規(guī)定：“有下列情形之一者，應當按照銷售額和增值稅稅率計算應納稅額，不得抵扣進項稅額，也不得使用增值稅專用發(fā)票：(一)一般納稅人會計核算不健全，或者不能夠提供準確稅務資料的?！薄对鲋刀惏l(fā)票開具指南》第二章第一節(jié)第十條第(一)項規(guī)定：“一般納稅人有下列情形之一的，不得使用增值稅專用發(fā)票：(一)會計核算不健全，不能向稅務機關準確提供增值稅銷項稅額、進項稅額、應納稅額數(shù)據(jù)及其他有關增值稅稅務資料的。上列其他有關增值稅稅務資料的內(nèi)容，由省、自治區(qū)、直轄市和計劃單列市國家稅務局確定?！必敹怺2016]36號文件附件1第一章第一節(jié)第四條第二款規(guī)定;“會計核算健全，是指能夠按照國家統(tǒng)一的會計制度規(guī)定設置賬簿，根據(jù)合法、有效憑證核算。”

基于以上稅收政策規(guī)定，核定征收企業(yè)所得稅的企業(yè)，雖然建賬核算，但是由于賬務上好多是白條入賬，沒有發(fā)票，成本核算不準確，不能向稅務機關準確提供增值稅銷項稅額、進項稅額、應納稅額數(shù)據(jù)。因此，核定征收企業(yè)所得稅的企業(yè)在核定征收年度不得使用增值稅專用發(fā)票，即使取得了增值稅專用發(fā)票，也不可以抵扣增值稅進項稅。于是，在核定征收年度發(fā)生的成本支出，在轉(zhuǎn)為查賬征收年度才收到的增值稅發(fā)票也不可以抵扣增值稅進項稅額。

(二)核定征收年度發(fā)生的支出，在轉(zhuǎn)為查賬征收年度的企業(yè)所得稅的處理：不可以企業(yè)所得稅前扣除

《企業(yè)所得稅法實施條例》第九條規(guī)定，企業(yè)應納稅所得額的計算，以權責發(fā)生制為原則，屬于當期的收入和費用，不論款項是否收付，均作為當期的收入和費用;不屬于當期的收入和費用，即使款項已經(jīng)在當期收付，均不作為當期的收入和費用。由于在按收入總額核定定率和按核定定額征收企業(yè)所得稅的情況下，其成本費用支出額、扣除額都是不真實的。根據(jù)收入費用配比原則，對在核定征收期間虛增或者應轉(zhuǎn)未轉(zhuǎn)、少轉(zhuǎn)的成本費用不能結(jié)轉(zhuǎn)到查賬征收期間扣除，具體內(nèi)容如下：

第一，已列支應扣除未扣除的成本費用不能結(jié)轉(zhuǎn)到查賬征收期間扣除。如在核定征收期間未提足的固定資產(chǎn)、無形資產(chǎn)、生物資產(chǎn)折舊以及商品生產(chǎn)或者購進成本、開辦費、新產(chǎn)品新技術研究開發(fā)費及其加計扣除部分、待攤費用、廣告和業(yè)務宣傳費、職工教育經(jīng)費支出等等。

第二，虛列的成本費用不能結(jié)轉(zhuǎn)到查賬征收期間扣除。包括無憑證和以非法憑證列支的成本費用，如白條、非法發(fā)票和不符合規(guī)定的發(fā)票、非資產(chǎn)評估機構出具的評估報告等等。

第三，應列支未列支的期間費用不能結(jié)轉(zhuǎn)到查賬征收期間扣除。包括已開具發(fā)票未列支和實際業(yè)務已發(fā)生但未開具發(fā)票也未列支兩部分，如：管理費用、銷售費用、財務費用以及應由已售出貨物或已提折舊負擔的應記入成本的采購費用、運輸費用、維護維修費用等。