核定原則的確立是核定制度建立的基石，是稅法精神在稅收核定制度中的體現(xiàn)。然而，中國的稅收立法長期受到歷史傳統(tǒng)思想的影響，體現(xiàn)出官本位的思想，將效率優(yōu)先放在首位，而這正與稅收法定原則和稅收公平原則相違背。例如，《征管實施細(xì)則》第38條規(guī)定，稅務(wù)機(jī)關(guān)選擇稅款征收的方式，應(yīng)保障稅款的及時入庫，同時降低稅收成本和方便納稅人為前提。這表明，征收方式的選擇優(yōu)先考慮的是稅收的財政職能和行政效率職能。

在核定征收爭議解決途徑方面，沒有貫徹保護(hù)納稅人利益的理念。就復(fù)議前置而言，它在解決稅務(wù)糾紛的大量性、專業(yè)性、注重時效性等方面都有獨(dú)特的作用。但是，如果復(fù)議機(jī)關(guān)不能保障自身的獨(dú)立性，而是受到原處理機(jī)關(guān)影響的話小規(guī)模核定征收，稅務(wù)機(jī)關(guān)優(yōu)先考慮自身利益，復(fù)議程序所應(yīng)追求的最基本的價值公平正義、解決征納雙方的沖突，就很難實現(xiàn)。先繳納稅款或提供擔(dān)保的制度設(shè)計尤其不利于保障納稅人的訴權(quán)。法律如此規(guī)定，是為了保障的稅收利益，避免納稅人利用尋求救濟(jì)的方式來拖延納稅時間，保障稅款及時安全入庫。但是，這一規(guī)定確實削弱了納稅人尋求司法救濟(jì)的熱情。

一方面，司法對行政權(quán)的監(jiān)督作用難以發(fā)揮的原因在于，在審理稅收案件時，法院也會優(yōu)先考慮稅收利益，有利益傾向性，沒有保持足夠的中立。“法官中立性主要指作為解決法律糾紛三方組合訴訟結(jié)構(gòu)中的一方，法官在參與訴訟解決糾紛過程中所保持的不偏不倚、超然于任何其他兩方的一種屬性或狀態(tài)?！?但是，由于我國是“大行政”體制，是行政主導(dǎo)型，政府實行權(quán)威管理，由政府來主導(dǎo)社會。“在我國，權(quán)力配置使得在行政式的管理體制下行使審判權(quán)缺乏獨(dú)立性，因而司法在某種程度上缺乏裁決的終局性、獨(dú)立性和權(quán)威性。”

納稅人協(xié)助義務(wù)的違反并不影響稅務(wù)機(jī)關(guān)的盡職調(diào)查義務(wù)，舉證責(zé)任也不因此而移轉(zhuǎn)，事實不清稅務(wù)機(jī)關(guān)仍要承擔(dān)敗訴之風(fēng)險。在核定征收的適用方面，如果納稅人能夠提供證據(jù)進(jìn)行駁斥稅務(wù)機(jī)關(guān)，并且滿足優(yōu)勢證據(jù)標(biāo)準(zhǔn)小規(guī)模核定征收，那么核定征收的適用就會得到否定。在計稅依據(jù)的證明方面，核定征收只是以證明程度較低的間接證據(jù)確定計稅依據(jù)，稅務(wù)機(jī)關(guān)高度蓋然性的舉證義務(wù)變得不再適用，為稅負(fù)的公平核課，只能盡可能的還原真實之計稅依據(jù)。

核定征收程序和方法，主要規(guī)定在《稅收征收管理法實施細(xì)則》第四十七條小規(guī)模核定征收。其中規(guī)定了三種核定應(yīng)納稅額的方法：，參照當(dāng)?shù)赝愋袠I(yè)或者類似行業(yè)中經(jīng)營規(guī)模和收入水平相近的納稅人的稅負(fù)水平核定；，按照營業(yè)收入或者成本加合理的費(fèi)用和利潤的方法核定；第三小規(guī)模核定征收，按照耗用的原材料、燃料、動力等推算或者測算核定。并且還規(guī)定以上一種方法不足以正確核定應(yīng)納稅額時，可以同時釆用兩種以上的方法核定。

在確定計稅依據(jù)方面，征納雙方應(yīng)遵循一種確定的法定程序必然成為我們所需要考慮的問題，征納雙方應(yīng)盡可能的提供自己優(yōu)勢證據(jù)以說服對方對自己依據(jù)的認(rèn)可。我們知道，市場是由大量紛繁蕪雜的交易行為構(gòu)成的，而在市場經(jīng)濟(jì)條件下一切交易活動又都是通過訂立和履行合同來完成的。如果合同在真實的意思表示下所達(dá)成的，那么這本身就是一個交易理應(yīng)得到保障的正當(dāng)?shù)睦碛?，不論這個合同交易額是大是小。核定征收的一個依據(jù)是計稅依據(jù)明顯偏低，又無正當(dāng)理由，在無明確法律規(guī)定的情況下，為了避免核定征收甚至被罰款，就需要明確正當(dāng)理由的概念和其論證規(guī)則。因此核定征收舉證規(guī)則是我們所需要明晰的。