反觀我國稅收核定征收案件的實踐，對案件的合法性進行的審查居多，特別是程序上、方法上的審查。在46個案例中核定征收企業(yè)政策，有11個判決認定了稅務(wù)機關(guān)的具體行政行為有違法之處，且均為主體資格、程序規(guī)范、事實認定等方面的審查。在以上46個案例中核定征收企業(yè)政策，有關(guān)核定征收方法的爭議共有8件。其中，關(guān)于營業(yè)收入、營業(yè)成本核算方法的爭議3件；核定房屋面積1件；核定產(chǎn)量的方法1件；方法選擇順位的爭議1件；定期定額征收的方法1件；核定房屋價格的方法1件。就核定征收程序方面而言核定征收企業(yè)政策，基本上每一份判決書中，都會對核定征收程序的合法性進行論述或闡明。其中，以程序爭議為焦點，有充分研宄價值的案例有6件。其中，未責令限期改正的案件1件；需不需要聽證的爭議4件；相對人有無行使異議權(quán)的案件1件。

稅收核定制度缺失程序性規(guī)定。程序正義在現(xiàn)代法律實踐中發(fā)揮著重要作用，法律活動遵循確定的步驟，通過合法的途徑和公開的過程，維護法律的公平正義。我國稅收核定缺失程序要件，具體表現(xiàn)在：核定征收前期的調(diào)查程序缺失，稅務(wù)機關(guān)選擇核定方法的任意性，核定、認定、征收程序三者沒有區(qū)分開來。我國《稅收征收管理法》第52條僅僅明確了追征期和補征期，具體核定的認定期和征收期卻沒有做出說明。

稅收核定執(zhí)法是稅收核定制度中很重要的內(nèi)容，稅務(wù)機關(guān)如果執(zhí)法不嚴，違法不究，甚至以權(quán)謀私、循私舞弊，那么，稅法的權(quán)威性也就蕩然無存，更談不上依法治稅了。因此，建立健全稅務(wù)機關(guān)執(zhí)法責任制度，既可以防范違法行為的發(fā)生，也可以嚴格追究懲治違法行為。

稅務(wù)機關(guān)在稅收征管的過程中，過分依賴實質(zhì)課稅，公民的經(jīng)濟行為很容易被否定，甚至一種合法的沒有以避稅為目的的交易也會在稅法方面得不到認可，這樣一來公民必須遵照稅收的標準進行經(jīng)濟交往從而得出一個所認可的結(jié)果，而不是稅收作為經(jīng)濟交往的伴生結(jié)果。因此實質(zhì)課稅必然以稅收法定為服從，即使一個經(jīng)濟外在形式被否定，從實質(zhì)進行課稅也要滿足內(nèi)在之稅收要件。

核定征收作為一項稅收認定行為，核定的客體是稅基，包含收入、成本、費用、利潤等。然而，我國法律上并沒有明確詳細的規(guī)定核定征收適用的條件和范圍。在實踐工作中，稅務(wù)機關(guān)對法律條文理解的差異性，容易產(chǎn)生執(zhí)法風險，也不可避免的擴大了稅務(wù)機關(guān)的自由裁量權(quán)。準確界定稅收核定的適用范圍和條件可以有效的遏制稅收的不必要的流失。對不同類型和行業(yè)應(yīng)該區(qū)別對待，根據(jù)準確的納稅信息，對此制定合理可行的參考標準。

在核定征收舉證過程中，會涉及到一個重要問題，這個問題會影響到對核定征收的判斷，那就是納稅人提供的證據(jù)材料認定的問題。在核定征收舉證過程中，如果這個問題得不到解決核定征收企業(yè)政策，那么納稅人的權(quán)利會得到很大程度的弱化，因為納稅人提供的證據(jù)是提交給稅務(wù)機關(guān)的，納稅人提供的證據(jù)的證明力有多大，最終決定權(quán)在稅務(wù)機關(guān)手里，稅務(wù)機關(guān)認為你是有證明力的就可以不用核定征收，如果認為你的證據(jù)不具有證明力，就會否定你的證據(jù)而不予采納，從而繼續(xù)適用核定征收進行征稅。